Kolejnym etapem remontu było wiercenie otworów aby dokonać iniekcji krystalicznej celem zrobienia izolacji poziomej. Otwory były wiercone na głębokość 60 cm od wewnątrz i z zewnątrz kościoła w odstępach co 12cm. W sumie wewnątrz świątyni wykonano 600 otworów a na zewnątrz 800 – łącznie z filarami. Metoda iniekcji krystalicznej jest metodą osuszania opartą na oryginalnej koncepcji autora, polegającej na wykorzystaniu tak zwanej „mokrej ścieżki”. Blokadę przeciwwilgociową uzyskuje się praktycznie w czasie 7 dni. Uszczelniające działanie środka według wynalazku polega na tym, że jeden ze składników mieszaniny – aktywizator krzemianowy, penetruje w promieniu 7-8 cm od środka otworu iniekcyjnego w murze metodą dyfuzji, a następnie jony wapniowe, pochodzące ze specyficznej dysocjacji portlantydu (minerału będącego składnikiem cementu portlandzkiego) powodują wytrącenie w kapilarach nierozpuszczalnego w wodzie związku najprawdopodobniej typu polikrzemianu wapniowego